Captain Tsubasa est l’histoire passionnée d’un élève du primaire dont les pensées et les rêves tournent presque entièrement autour de l’amour du football. Tsubasa Oozora, 11 ans, a commencé à jouer au football à un très jeune âge, et même s’il ne s’agissait principalement que d’un sport récréatif pour ses amis, pour lui, c’est devenu une sorte d’obsession.
Afin de poursuivre son rêve au mieux de ses capacités à l’école primaire, Tsubasa déménage avec sa mère dans la ville de Nankatsu, réputée pour ses excellentes équipes de football à l’école primaire. Mais même s’il était de loin le meilleur de sa vieille ville, Nankatsu a beaucoup plus de concurrence, et il aura besoin de toutes ses compétences et de son talent pour se démarquer de cette nouvelle foule.
Il rencontre non seulement des rivaux, mais aussi de nouveaux amis comme la jolie fille Sanae Nakazawa et le gardien de but talentueux, Genzo Wakabayashi, qui partage la même passion que Tsubasa, et s’avérera être un ami précieux pour l’aider à réaliser ses rêves. Représenter le Japon à la Coupe du Monde de la FIFA est le rêve ultime de Tsubasa, mais il faudra beaucoup plus que du talent pour l’atteindre.